Come nel prequel, il giocatore veste i panni della giovane Alice Liddell, ragazza rimasta orfana in seguito ad un incendio. La storia comincia dove il precedente capitolo si interrompe, con Alice dimessa dal manicomio di Rutledge, dove era stata ricoverata perché creduta pazza, ora residente presso un orfanotrofio della Londra vittoriana.