Il gioco è ambientato nel 1939, alla vigilia della seconda guerra mondiale.
La storia in breve
Il professor Indiana Jones e il suo amico Marcus Brody vengono ingaggiati dal signor Smith per ritrovare un manufatto. Grazie ad alcuni documenti, scoprono che il signor Smith è in realtà Klaus Kerner, un agente del Terzo Reich interessato ad alcuni scavi svoltisi alcuni anni prima in Islanda. È stato lì che Indy, assieme alla collega Sophia Hapgood, ha portato alla luce la statuetta appena rubata. Il prossimo obiettivo di Kerner è proprio Sophia, un'ex-archeologa ora diventata una preveggente interessata al mito di Atlantide e che afferma di essere in contatto spirituale con Nur-ab-sal, il supposto dio e re atlantideo.