Scaraventato nel mondo di Holodrum, Link deve salvare una ballerina di nome Din, l'Oracolo delle Stagioni, rapita dal Generale Onox. Lo strumento che caratterizza questo episodio della saga è lo Scettro delle Stagioni, che permette di mutarle a suo piacimento: ad esempio, se uno specchio d'acqua vi blocca, si passa all'Inverno, ghiacciando l'acqua e superando con agilità un ostacolo prima insormontabile. I suoi poteri si sbloccano durante l'avventura, affrontando i vari dungeon. Inoltre, Link è accompagnato da uno di questi tre compagni, a scelta del giocatore: Dimitri, un dinosauro acquatico, Moosh, un orso volante, e Ricky, un canguro.